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Le terme amibe englobe de nombreux groupes de protistes amiboïdes appartenant à différents taxonseucaryotes : Amoebozoa, Rhizaria, Heterokonta, Excavata et Opisthokonta. Il ne s'agit donc pas d'un groupe monophylétique mais polyphylétique ; l'ancêtre commun à toutes les amibes est peut-être également l'ancêtre commun de tous les eucaryotes. De manière générale et cytofonctionnelle, les amibes sont des unicellulaires eucaryotes, hétérotrophes phagotrophes, au même titre que la Paramécie.
La structure des cellules d'une amibe ressemble beaucoup plus à celle des êtres multicellulaires qu'aux autres êtres unicellulaires. Les amibes se déplacent par pseudopodie (créations de « pieds » temporels), et peuvent attaquer d'autres cellules par phagocytose.
Les amibes regroupent aussi bien des organismes libres que des parasites. Les amibes peuvent être nues ou posséder une « coquille » ou thèque, comme les thécamibiens ou chez les foraminifères.
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